Alternative à Spectragryph : que choisir maintenant

SpectralBench est ce qui se rapproche le plus aujourd’hui d’un remplaçant direct de Spectragryph : une suite de spectroscopie dans le navigateur, avec 17 outils, qui égale l’étendue des formats de Spectragryph et la dépasse sur plusieurs capacités d’analyse. Elle lit environ 30 formats de fichiers, dont les fichiers binaires propres à Bruker (OPUS), Thermo Fisher (SPA/SPG), Renishaw (WDF), Horiba (NGS/L6S), PerkinElmer (SP) et JASCO (JWS), ainsi que les fichiers JCAMP-DX, SPC et CSV, et peut exporter vers MATLAB.

Ses fonctions vont bien au-delà de la simple visualisation. SpectralBench comprend l’ajustement de courbes (profils gaussien, lorentzien et pseudo-Voigt par optimisation de Levenberg-Marquardt), l’ACP (analyse en composantes principales) et la chimiométrie avec graphiques des scores, des contributions et des éboulis des valeurs propres (score/loading/scree), un interpréteur de spectres fondé sur l’IA, quatre algorithmes de correction de ligne de base (moindres carrés asymétriques, polynomial, SNIP, bande élastique), des opérations sur les spectres (soustraction, moyenne, rapports), la conversion de fichiers par lots et une bibliothèque de référence de plus de 50 000 spectres issus de sources en libre accès, avec un score de similarité classé par HQI. La plateforme est en développement très actif et de nouvelles fonctions sortent régulièrement.

Pour les utilisateurs de Spectragryph, la migration est simple : les formats se recoupent presque entièrement, et la chaîne d’analyse couvre la détection de pics, la correction de ligne de base, les opérations sur les spectres et la recherche en bibliothèque qui formaient le cœur du travail sous Spectragryph. SpectralBench ajoute même des capacités que Spectragryph n’avait pas : l’ACP, l’ajustement de courbes avec des profils de Voigt et l’identification assistée par IA.

Les principales contreparties sont propres aux logiciels web : sans mode hors ligne, il faut une connexion internet à chaque session. Et, plateforme plus récente, SpectralBench n’a pas l’historique de plus de dix ans de publications qui fait hésiter certains chercheurs au moment de citer un outil d’analyse dans des travaux évalués par les pairs.

OMNIC est la référence commerciale établie pour l’analyse FTIR et Raman ; il est fourni avec chaque instrument de spectroscopie Thermo Fisher. Pour les utilisateurs de Spectragryph qui décident d’un budget et ont accès à des instruments Thermo, OMNIC offre les fonctions les plus proches : opérations complètes sur les spectres, correction de ligne de base (plusieurs algorithmes), détection de pics, ajustement de courbes et recherche étendue dans des bibliothèques commerciales.

La recherche en bibliothèque est son point fort. Les bibliothèques spectrales commerciales de Thermo comptent parmi les plus complètes du marché, avec des centaines de milliers de spectres de référence couvrant les polymères, les produits pharmaceutiques, la criminalistique et les échantillons environnementaux. Aucun outil gratuit n’en offre autant, et de loin.

Ce qui distingue OMNIC de Spectragryph : il est étroitement lié à l’écosystème d’instruments de Thermo. Il peut importer certains formats tiers (JCAMP-DX, CSV, SPC), mais sa force principale tient aux formats propriétaires SPA/SPG de Thermo. Il ne fonctionne que sous Windows et exige une licence liée à un instrument précis ou achetée séparément (en général de 3 000 à 8 000 $ pour une licence autonome).

Pour les professionnels de laboratoires bien financés équipés d’instruments Thermo, OMNIC est l’évolution naturelle après Spectragryph. Pour tous les autres, le coût et la dépendance au fournisseur le rendent peu pratique.

Open Specy est né dans la communauté des sciences de l’environnement comme plateforme open source d’identification des microplastiques, mais il est devenu un outil de spectroscopie généraliste étonnamment performant. Sa bibliothèque spectrale, construite à partir de données de référence Raman et FTIR fournies par la communauté, est l’une des plus grandes bases de données gratuites, avec plus de 40 000 spectres de référence.

Pour les utilisateurs de Spectragryph qui viennent de flux de travail FTIR ou Raman, la chaîne d’analyse d’Open Specy couvre l’essentiel : correction de ligne de base (méthodes polynomiales et adaptatives), lissage, détection de pics et comparaison avec la bibliothèque. La version web sur openspecy.org ne demande aucune installation et gère d’emblée les formats de fichiers les plus courants, dont JCAMP-DX, CSV, SPC et les fichiers Bruker OPUS.

La version sous forme de paquet R permet le traitement par lots et les flux de travail scriptés, un vrai avantage sur l’approche de Spectragryph limitée à l’interface graphique, mais elle suppose de connaître R. Si vous utilisiez Spectragryph uniquement à la souris, l’apprentissage sera réel.

Là où Open Specy est en retrait par rapport à Spectragryph : il ne prend pas en charge les données UV-visible, RMN ni DRX. Ses opérations sur les spectres (soustraction, normalisation) sont plus limitées. Et si sa couverture des formats de fichiers est bonne, elle reste loin des plus de 30 formats de Spectragryph. Si vous travaillez exclusivement sur des données Raman ou FTIR, c’est toutefois l’option gratuite la plus solide.

Essential FTIR est un outil léger, dans le navigateur, entièrement consacré à l’analyse de spectres FTIR. Pour les utilisateurs de Spectragryph qui travaillaient surtout sur des données FTIR et veulent un outil simple, il offre une interface épurée pour afficher des spectres, identifier des groupes fonctionnels et annoter des pics de façon basique.

Sa force est l’accessibilité : rien à installer, et une interface assez simple pour des étudiants de licence ou des utilisateurs occasionnels. Ses tables de corrélation FTIR intégrées et ses guides d’identification des groupes fonctionnels en font un support pédagogique autant qu’un outil d’analyse de base.

Essential FTIR n’est cependant pas conçu pour remplacer une application de bureau complète. Il ne prend en charge que les formats JCAMP-DX et CSV : pas de SPC, pas d’OPUS, pas de variantes ASCII. Il n’a ni opérations sur les spectres (soustraction, rapport), ni algorithme de correction de ligne de base, ni recherche dans des bases de données de référence, ni traitement par lots. Il est, comme son nom l’indique, essentiel : un point de départ, pas une destination.

Si votre travail sous Spectragryph allait au-delà de l’affichage de spectres FTIR et de l’annotation manuelle de pics, Essential FTIR vous paraîtra très limité.